Những vấn đề bên khởi kiện yêu cầu toà giải quyết là, huỷ bỏ 4 văn bản gồm:
Công văn số 2725/VP-KT2 ngày 8/8/2016 và Công văn số 3710/VP-KT2 ngày 4/10/2016 của Văn phòng UBND TP về việc thu hồi đất của Cty. Công văn số 6411/UBND-KT ngày 17/8/2017 của UBND TP về việc thu hồi giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và hủy bỏ hợp đồng thuê đất của Cty. Công văn số 10049/UBND-KT ngày 12/12/2017 UBND TP xác định lại đơn giá tiền thuê đất, thu bổ sung tiền thuê lại đất theo đơn giá dịch vụ và thu bổ sung tiền sử dụng hạ tầng (phần nội dung truy thu tiền thuê đất từ 1/1/2006 đến 31/12/2023 với số tiền 393.568,79 USD và xác định bổ sung đơn giá thuê đất dịch vụ 6.900 đồng/m2/năm từ ngày 14/1/2016 đến 31/12/2017 với số tiền 625.239.134 đồng).
Yêu cầu UBND TP trả lại cho Cty 11.021 m2 đất bị thu hồi tại biên bản do Cty Phát triển và Khai thác hạ tầng khu công nghiệp Đà Nẵng lập ngày 17/3/2017 (theo chỉ đạo của UBND TP). Bổ sung thời hạn thuê đất của Cty đến năm 2046 đối với Hợp đồng thuê đất số 04/HĐTĐ-ĐC cho đúng với thời hạn thuê đất đã được UBND TP chấp nhận tại Công văn số 3415/VP-KTN ngày 12/10/2009 và thời hạn hoạt động ghi trong giấy chứng nhận đầu tư (thay đổi lần 2) do Ban Quản lý (BQL) các khu công nghiệp và chế xuất Đà Nẵng cấp ngày 28/12/2009.
Như Báo Thanh tra đã nhiều lần phản ánh, ngày 14/7/1993, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 357/TTg cho Cty thuê 50.000 m2 đất, đơn giá 0,06 USD/m2/năm để thực hiện dự án (DA) sản xuất tăm hương, tăm tre, hương, giấy súc và giấy công nghiệp.
Ngày 30/1/1996 Cty ký Hợp đồng số 04/HĐTĐ-ĐC với Sở Địa chính tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng thuê 50.000 m2 đất tại xã Hòa Khánh, huyện Hòa Vang, tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng (cũ), đơn giá 0,06 USD/m2/năm.
Ngày 9/5/1998, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 394/QĐ-TTg điều chỉnh thời hạn cho thuê đất tại Quyết định số 357/TTg, thời hạn thuê đất 30 năm kể từ ngày 19/3/1993.
Ngày 20/10/1998, Cty được UBND TP Đà Nẵng cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất số K – 160525 với diện tích 50.000 m2.
Năm 2009, thực hiện chủ trương của UBND TP về chuyển đổi ngành nghề để khắc phục tình trạng ô nhiểm môi trường do sản xuất giấy súc, Cty thống nhất chuyển đổi sang kinh doanh cho thuê nhà xưởng và được UBND TP đồng ý cho Cty tiếp tục thuê đất để thực hiện DA đến hết năm 2046.
Ngày 28/12/2009, BQL các khu công nghiệp và chế xuất Đà Nẵng đã cấp giấy chứng nhận đầu tư (thay đổi lần 2) cho Cty; với ngành nghề kinh doanh là xây dựng nhà xưởng và kho cho thuê; diện tích đất sử dụng 50.000 m2; thời hạn hoạt động đến năm 2046. Tiến độ thực hiện DA: Khởi công xây dựng và sửa chữa nhà xưởng cũ vào tháng 1/2010, bắt đầu cho thuê vào Quý II/2011.
Ngày 10/3/2011 Cty Phát triển và Khai thác hạ tầng khu công nghiệp Đà Nẵng có Văn bản số 47/CV-Cty xác nhận Cty đã nộp 915,3 triệu đồng tiền thuê đất đến hết năm 2023 (tương ứng 0,06 USD x 50.000 m2 x 18 năm).
Ngày 29/6/2015 BQL các khu công nghiệp và chế xuất Đà Nẵng đã cấp giấy chứng nhận đầu tư (thay đổi lần 3) cho Cty. Diện tích đất sử dụng vẫn 50 ngàn m2; thời hạn hoạt động đến ngày 12/12/2046. Tiến độ thực hiện DA: Đối với phần diện tích 30.000 m2 đã triển khai xây dựng và cho thuê từ quý II /2011, phần diện tích 20.000 m2, xây dựng hoàn thành và đưa vào sử dụng tháng 6/2015.
Sau đó, Cty đã nhiều lần có văn bản đề nghị cấp giấy phép xây dựng các hạng mục trên phần đất 20.000 m2, nhưng UBND TP và BQL các Khu công nghiệp và chế xuất Đà Nẵng không giải quyết.
Ngày 8/8/2016 và ngày 4/10/2016, UBND TP ban hành Công văn số 2725/VP-KT2 thu hồi 11.000 m2 đất của Cty.
Đến ngày 17/3/2017, Cty Phát triển và Khai thác hạ tầng khu công nghiệp Đà Nẵng đã lập biên bản thu hồi 11.021 m2 đất của Cty và bàn giao Cty TNHH Đầu tư NLPT (Cty NLPT) sử dụng chứa cát, khai thác cát trái phép, gây ô nhiểm môi trường.
Từ khi được thuê đất, Cty thực hiện DA đúng tiến độ và theo yêu cầu của UBND TP, Cty đã thay đổi nội dung kinh doanh phù hợp, không gây ô nhiễm môi trường và đã được UBND TP đồng ý cho tiếp tục thuê đất đến hết năm 2046 và nộp tiền thuê đất đến hết năm 2023.
Việc UBND TP thu hồi đất của Cty trong khi đơn vị không có bất kỳ hành vi vi phạm pháp luật về đất đai. UBND TP thu hồi đất nhưng không ban hành quyết định thu hồi mà chỉ ban hành công văn truyền đạt ý kiến của Chủ tịch UBND TP và buộc Cty bàn giao đất cho Cty NLPT là không đúng quy định tại Điều 66 Nghị định 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ.
Theo thông báo của TAND TP, trong thời hạn 10 ngày, kể từ ngày nhận được thông báo này, người bị kiện và người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan phải nộp cho Toà án văn bản ghi ý kiến của mình về yêu cầu của người khởi kiện và tài liệu, chứng cứ kèm theo. Trường hợp gia hạn thì phải có đơn xin gia hạn gửi cho toà án nêu rõ lý do để toà xem xét. Hết thời hạn này mà người được thông báo không có ý kiến gì đối với các yêu cầu của người khởi kiện mà không có lý do chính đáng, thì toà án căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ có trong hồ sơ để giải quyết vụ án theo quy định của pháp luật.