Theo đó, với công tác quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường (BVMT) trong khai thác khoáng sản, công tác thẩm định, phê duyệt báo cáo ĐTM và đề án cải tạo phục hồi môi trường tại một số dự án còn chưa chặt chẽ như dự án cải tạo phục hồi môi trường của dự án khai thác khoáng sản tại mỏ đá Hang Nước II (Cty CP Xi măng Hướng Dương làm chủ đầu tư). Dù chưa được cấp có thẩm quyền ban hành quyết định phê duyệt nhưng Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Ninh Bình vẫn ký xác nhận vào hồ sơ dự án và doanh nghiệp (DN) đã khai thác trong nhiều năm liền.

Từ 2012 đến tháng 4/2017, UBND tỉnh không ban hành văn bản quy định hệ số quy đổi từ khoáng sản thành phẩm sang khoáng sản nguyên khai để tính phí BVMT. Do đó, các DN vẫn nộp phí BVMT theo khối lượng khoáng sản thành phẩm; là vi phạm quy định tại Nghị định số 74/2011/NĐ-CP và Thông tư số 158/2011/TT-BTC về phí BVMT.

Công tác hướng dẫn, thanh, kiểm tra của cơ quan thuế với DN khai thác khoáng sản còn hạn chế, dẫn đến việc nhiều DN kê khai, quy đổi khối lượng để tính phí BVMT, thuế tài nguyên không đúng quy định, gây thất thu ngân sách nhà nước (NSNN).

Qua kiểm tra 20 dự án khai thác khoáng sản, có 12 dự án của 10 chủ đầu tư chưa được cấp giấy chứng nhận hoàn thành công trình BVMT phục vụ giai đoạn vận hành. Có nhiều dự án đã khai thác khoáng sản trong thời gian dài nhưng chưa thực hiện đầy đủ các biện pháp, công trình BVMT theo yêu cầu của báo cáo ĐTM được phê duyệt…

Một số dự án khai thác khoáng sản vượt công suất với khối lượng lớn trong nhiều năm, dẫn đến các biện pháp, phương án BVMT đã thực hiện không đáp ứng được, nhưng chủ đầu tư không lập lại báo cáo ĐTM hoặc không xin phép cơ quan phê duyệt báo cáo ĐTM.

Tại một số mỏ khai thác không đúng thiết kế, tiềm ẩn nguy cơ về tai nạn lao động (giai đoạn 2016-2018 toàn tỉnh xảy ra 179 vụ tai nạn lao động).

Với việc thực hiện nghĩa vụ tài chính, về phí BVMT, thanh tra 20 dự án cho thấy có một số chủ đầu tư dự án khai thác khoáng sản quy đổi, kê khai khối lượng để tính phí BVMT không đúng quy định, gây thất thu NSNN. Thanh tra Chính phủ (TTCP) tạm tính số tiền phí BVMT phải bổ sung của 5 DN là hơn 1,4 tỷ đồng.

Về thuế tài nguyên, còn 3/5 chủ đầu tư dự án khai thác khoáng sản để sản xuất xi măng gồm Cty CP Xi măng Hướng Dương, Cty TNHH Duyên Hà, Cty CP Xi măng Hệ Dương đã nộp thuế tài nguyên theo hệ số quy đổi 2,74 tấn/m3, chưa thực hiện việc quy đổi theo hệ số 1,6 tấn/m3 theo yêu cầu của UBND tỉnh để nộp thuế tài nguyên bổ sung với khối lượng khoáng sản khai thác từ tháng 4/2017 trở về trước.

Sau khi UBND tỉnh ban hành Quyết định 09/2017/QĐ-UBND ngày 4/4/2017 quy định hệ số quy đổi 1,6 tấn/m3, nhưng Cty CP Xi măng Hướng Dương vẫn quy đổi theo hệ số 1,8 tấn/m3 để nộp thuế tài nguyên (đến thời điểm thanh tra vẫn không thực hiện theo quy định của UBND tỉnh). Việc làm của Cty này đã bị Kiểm toán Nhà nước kiến nghị truy thu, cơ quan thuế đôn đốc nộp nhưng DN không thực hiện. TTCP áp dụng hệ số quy đổi 1,6 tấn/m3 để tạm tính số tiền thuế tài nguyên của 3 đơn vị nêu trên còn thiếu là hơn 32,5 tỉ đồng.

Trước những tồn tại, vi phạm trên, Tổng TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo UBND tỉnh Ninh Bình chỉ đạo cơ quan chức năng tiến hành thanh, kiểm tra và xử lý vi phạm hành chính với các chủ đầu tư khai thác khoáng sản có vi phạm về Luật BVMT, Luật Khoáng sản, quy định về an toàn lao động. Kiên quyết xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm nhiều lần, có hệ thống. Chỉ đạo tiến hành kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm các cá nhân, đơn vị có liên quan đến các vi phạm.

Giao thanh tra tỉnh Ninh Bình chủ trì, phối hợp cơ quan thuế tiến hành kiểm tra, rà soát lại việc áp dụng hệ số quy đổi khối lượng của tất cả các DN khai thác khoáng sản để truy thu phí BVMT, thuế tài nguyên với các DN thực hiện quy đổi chưa đúng quy định, chưa nhân với hệ số khai thác lộ thiên (trong đó có một số DN đã được TTCP tạm tính còn thiếu hơn 34 tỉ đồng), đảm bảo thống nhất về hệ số quy đổi khối lượng tính thuế, phí đúng quy định.