Kết thúc nhiệm kỳ Chính phủ 2011 – 2016, tình hình thực hiện nhiệm vụ, công việc Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ giao có nhiều hạn chế, trong đó tỷ lệ quá hạn thực hiện nhiệm vụ cao, nhiều nhiệm vụ, chỉ đạo quan trọng liên quan đến thể chế, an sinh xã hội, thúc đẩy tăng trưởng chậm được triển khai; kỷ luật, kỷ cương hành chính chưa nghiêm; nhiều cơ chế, chính sách chậm đi vào cuộc sống, đã ảnh hưởng đến niềm tin của nhân dân và doanh nghiệp. Để khắc phục tình trạng “bắn chỉ thiên”, “trên bảo dưới không nghe” với tinh thần thắt chặt kỷ cương, phép nước, bảo đảm tất cả các nhiệm vụ giao phải thực hiện nghiêm túc, không để chậm trễ, bỏ sót việc, ngày 19/8/2016, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định 1642/QĐ-TTg thành lập Tổ công tác của Thủ tướng Chính phủ kiểm tra việc thực hiện nhiệm vụ, kết luận, chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ (Tổ công tác) để giúp Thủ tướng Chính phủ kiểm tra, đánh giá toàn diện việc thực hiện nhiệm vụ giao của các bộ, cơ quan, địa phương; kịp thời phát hiện những khó khăn, vướng mắc, tồn tại, hạn chế để tham mưu, đề xuất với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ hướng giải quyết, kể cả việc kiến nghị các biện pháp xử lý vi phạm theo quy định (nếu có) với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
Với sự cố gắng, nỗ lực, tận tâm, Tổ công tác đã hoàn thành tốt nhiệm vụ được Thủ tướng Chính phủ giao, trong đó đã tạo ra sự chuyến biến tích cực trên các lĩnh vực công tác.
Cụ thể, tình trạng nợ đọng nhiệm vụ giao được chấn chỉnh và chuyển biến rất tích cực. Đến hết năm 2020, số nhiệm vụ quá hạn chỉ chiếm 1,8% – giảm 23,4% so với đầu nhiệm kỳ Chính phủ – thời điểm Tổ công tác chưa thành lập. Cả nhiệm kỳ Chính phủ 2016 – 2021 (hết tháng 02/2021), chỉ còn 12/2.504 đề án chưa trình, chiếm 0,5% – bằng 1/4 so với cuối nhiệm kỳ trước (cuối nhiệm kỳ 2011 – 2016, số đề án nợ đọng chiếm tỷ lệ 2,26%).
Các cuộc kiểm tra, đôn đốn của Tổ công tác đã kịp thời góp phần tích cực đưa các giải pháp, chỉ đạo điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ thành những kết quả cụ thể, đi vào cuộc sống, góp phần quan trọng vào tăng cường kỷ luật, kỷ cương hành chính, nâng cao hiệu lực, hiệu quả chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ. Hoạt động của Tổ công tác đã được Hội nghị Trung ương 6 khóa XII đánh giá: Việc thành lập Tổ công tác là cần thiết; Tổ hoạt động quyết liệt, không ngại va chạm, đem lại hiệu quả tích cực. Đây là điểm sáng nhất cần phải đánh giá rõ và nhấn mạnh hơn.
Qua các buổi kiểm tra, nhiều vấn đề tồn tại, bất cập, khó khăn, vướng mắc đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh chậm được xử lý, giải quyết có liên quan đến công tác chỉ đạo, điều hành của các bộ, cơ quan địa phương làm dư luận quan tâm, bức xúc, ảnh hưởng đến niềm tin của nhân dân đã được Tổ công tác chỉ ra và báo cáo, kiến nghị kịp thời với Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ có quyết sách, biện pháp xử lý kịp thời, góp phần bảo đảm an ninh trật tự, giữ vững kỷ cương phép nước.
Tổ công tác đã có nhiều đề xuất, kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, cơ quan, địa phương đẩy nhanh tiến độ xây dựng, ban hành văn bản quy định chi tiết luật, nghị quyết, pháp lệnh; góp phần hoàn thiện thể chế, chính sách.
Các cuộc kiểm tra chuyên đề về kiểm tra chuyên ngành đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, đơn giản hóa, cắt giảm điều kiện kinh doanh, xây dựng Chính phủ điện tử, cải cách thủ tục hành chính có hiệu quả rất tích cực và lan tỏa mạnh mẽ, tạo chuyển biến quan trọng cả về chất và lượng trong cải cách và thực thi của các bộ, cơ quan, địa phương; góp phần cải tiến lề lối, phương thức làm việc của các cơ quan hành chính nhà nước, loại bỏ tình trạng nhũng nhiễu, tiêu cực, tham nhũng vặt…
Với những kết quả đã đạt được, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc yêu cầu từ nay đến hết nhiệm kỳ Chính phủ 2016 – 2021, Tổ công tác phải tập trung theo dõi, đôn đốc, kiểm tra các bộ, cơ quan, địa phương trong việc thực hiện nhiệm vụ giao, nhất là trong công tác hoàn thiện thể chế, chính sách; tháo gỡ khó khăn, vướng mắc, tạo thuận lợi, thúc đẩy phát triển; việc xây dựng, trình các đề án, nhiệm vụ trong Chương trình làm việc của Bộ Chính trị, Ban Bí thư và trong Chương trình công tác của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, bảo đảm các nhiệm vụ, đề án phải được thực hiện chất lượng, đúng tiến độ, yêu cầu chỉ đạo của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, không để chậm, nợ.
Trong quá trình hoạt động, Tổ công tác phải bám sát yêu cầu chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, thực tiễn tình hình thực hiện nhiệm vụ giao của các bộ, cơ quan, địa phương để xác định nội dung, vấn đề trọng tâm cần đôn đốc, kiểm tra.
Tổ công tác tiếp tục hoàn thiện, đổi mới phương thức, cách thức hoạt động và ứng dụng mạnh mẽ công nghệ thông tin, đáp ứng yêu cầu chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trong tình hình mới và yêu cầu của thực tiễn, bảo đảm hoạt động hiệu quả, phục vụ tốt hơn công tác chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và trong việc thắt chặt kỷ luật, kỷ cương hành chính, nâng cao chất lượng thực thi công vụ…