Theo kết luận thanh tra, dự án đầu tư xây dựng CCN Thanh Vinh mở rộng đã trải qua ba chủ đầu tư gồm: Công ty Phát triển và khai thác hạ tầng khu công nghiệp Đà Nẵng (Công ty HTKCN Đà Nẵng), Công ty CP Xây dựng và đầu tư Đà Nẵng C.T Dinco (Công ty Dinco) và Công ty CP Đầu tư Đà Nẵng - Miền Trung (DMT). Quá trình chuyển giao, quản lý dự án qua nhiều giai đoạn đã phát sinh nhiều bất cập, kéo dài đến nay chưa được khắc phục triệt để.
Thanh tra TP Đà Nẵng xác định UBND TP Đà Nẵng đã cấp 61 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho Công ty Dinco và Công ty DMT đối với các lô đất tại CCN Thanh Vinh với thời hạn sử dụng lâu dài là không đúng quy định của Luật Đất đai năm 2003. Đến thời điểm thanh tra, vẫn còn 9/16 doanh nghiệp chưa thực hiện chỉnh lý thời hạn sử dụng đất từ “lâu dài” sang “50 năm”, không bảo đảm quy định pháp luật về đất đai.
Ngoài ra, CCN Thanh Vinh nằm trong khu vực đã được điều chỉnh quy hoạch sử dụng đất từ năm 2021. Tuy nhiên, đến nay dự án vẫn chưa thể triển khai theo quy hoạch mới, gây nhiều khó khăn cho các doanh nghiệp đang hoạt động sản xuất, kinh doanh tại đây. Tình trạng “treo” quy hoạch kéo dài không chỉ ảnh hưởng đến quyền, lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp mà còn tiềm ẩn nguy cơ phát sinh khiếu nại, tranh chấp.
Kết luận thanh tra cũng chỉ ra nhiều tồn tại nghiêm trọng về hạ tầng kỹ thuật và môi trường. Cụ thể, diện tích đất cây xanh tại CCN Thanh Vinh chỉ chiếm khoảng 1,8%, không đáp ứng tỷ lệ tối thiểu 25% theo quy định. Hệ thống thu gom, xử lý nước thải không được đầu tư đồng bộ; nước thải từ các cơ sở sản xuất chưa được xử lý đạt chuẩn trước khi xả vào cống chung của CCN. Đáng chú ý, đa số các doanh nghiệp đang hoạt động trong cụm công nghiệp này không có đầy đủ hồ sơ pháp lý về môi trường theo quy định.
Về tài chính đất đai, Thanh tra TP Đà Nẵng kết luận việc áp dụng hệ số sử dụng đất 70% trong xác định, đề xuất đơn giá đất thô để thu tiền sử dụng đất là chưa bảo đảm cơ sở pháp lý. Việc UBND TP giao Công ty HTKCN Đà Nẵng thu tiền sử dụng đất và nộp vào ngân sách nhà nước cũng không đúng quy định. Bên cạnh đó, Sở Tài nguyên và Môi trường (trước đây) không ký hợp đồng thuê đất với Công ty HTKCN Đà Nẵng; Cục Thuế TP (trước đây) không thực hiện tính và thu tiền thuê đất của doanh nghiệp này theo nhiệm vụ được UBND TP giao.
Đặc biệt, việc UBND TP cho phép kéo dài thời hạn nộp và không tính tiền phạt chậm nộp tiền sử dụng đất đối với CCN Thanh Vinh được xác định là không đúng quy định của Luật Quản lý thuế năm 2006. Tuy nhiên, nội dung này đã được Thanh tra Chính phủ kết luận và kiến nghị xử lý tại Kết luận số 2852 năm 2012, nên Thanh tra TP Đà Nẵng không tiếp tục kiến nghị xử lý lại.
Trên cơ sở các sai phạm, Thanh tra TP Đà Nẵng kiến nghị Chủ tịch UBND TP chỉ đạo các cơ quan chức năng xây dựng phương án hỗ trợ, bảo đảm quyền lợi, ổn định sản xuất kinh doanh cho các doanh nghiệp phải di dời khi triển khai quy hoạch chuyển mục đích sử dụng đất tại CCN Thanh Vinh.
Đồng thời, yêu cầu Sở Nông nghiệp và Môi trường nghiêm túc chấn chỉnh, rút kinh nghiệm trong công tác tham mưu cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, cũng như việc không ký hợp đồng thuê đất với Công ty HTKCN Đà Nẵng theo chỉ đạo của thành phố.
Thanh tra TP cũng kiến nghị kiểm tra, xử lý theo quy định đối với Công ty TNHH MTV Bê tông Dufago vì sử dụng hơn 7.000m² đất làm bãi tập kết vật liệu ngoài phạm vi diện tích đất được thuê. Chủ đầu tư CCN Thanh Vinh, các doanh nghiệp tại đây được yêu cầu nghiêm túc chấn chỉnh, rút kinh nghiệm và khắc phục các tồn tại theo nội dung kết luận thanh tra đã nêu.