Tại phần tuyên án, Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm nêu rõ, hành vi của các bị cáo trong vụ án làm ảnh hưởng đến uy tín và gây thiệt hại tài sản của Nhà nước. Việc nhiều tổ chức, cá nhân, nhà khoa học có đơn xin xem xét giảm nhẹ cho các bị cáo, Tòa phúc thẩm ghi nhận các ý kiến, đề nghị này. Tuy nhiên, những tình tiết này, Tòa án cấp sơ thẩm đã cho các bị cáo hưởng đầy đủ. Do đó, Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm cho rằng không có căn cứ để chấp nhận kháng cáo của sáu bị cáo và tuyên án giữ nguyên mức án như cấp sơ thẩm.
Trước đó, theo cáo trạng của vụ án, đầu năm 2020, CDC Hà Nội đã mua một số hệ thống máy xét nghiệm, nhằm đáp ứng nhu cầu xét nghiệm phòng, chống dịch Covid-19. Hệ thống máy xét nghiệm Covid-19 khi nhập về Việt Nam giá khoảng hơn hai tỷ đồng nhưng CDC Hà Nội đã mua vào với giá cao gấp khoảng ba lần giá nêu trên. Kết quả điều tra xác định các bị can trong vụ án đã câu kết, gian lận, thông đồng, nâng khống giá trị hệ thống máy xét nghiệm, gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng cho Nhà nước.
Trong vụ án này, bị can Nguyễn Nhật Cảm chịu trách nhiệm chính trong việc chỉ định thầu gói thầu mua sắm thiết bị phòng, chống dịch. Bị can Cảm đã lợi dụng tình hình dịch bệnh, trực tiếp thoả thuận, thống nhất giá mua sắm thiết bị y tế.
Ở phiên xét xử sơ thẩm, Hội đồng xét xử nhận định, bị cáo Nguyễn Nhật Cảm với vai trò giám đốc CDC chịu trách nhiệm là người đứng đầu, có vai trò cao nhất trong vụ án. Các bị cáo khác trong vụ án có chức vụ là thuộc cấp của bị cáo Cảm đã không làm tròn chức trách tham mưu cho lãnh đạo, trực tiếp ký và hoàn thiện nhiều tài liệu liên quan đến đấu thầu để dẫn tới hành vi vi phạm pháp luật nên được xác định có vai trò giúp sức.