Tháng 10/2026, Hội đồng nhân dân Cần Thơ đã thông qua chủ trương điều chỉnh dự án, nâng tổng mức đầu tư lên hơn 6.400 tỷ đồng (tăng thêm hơn 2.570 tỷ đồng) và lùi tiến độ hoàn thành đến cuối năm 2028. Nguyên nhân tăng vốn chủ yếu do chi phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư tăng từ 985 tỷ đồng lên hơn 2.262 tỷ đồng, cùng với biến động giá vật liệu khiến chi phí xây dựng tăng mạnh.
Trước đó, dự án từng bị Kiểm toán Nhà nước chỉ ra nhiều tồn tại trong công tác lập, thẩm định tổng mức đầu tư, quản lý tiến độ và khởi công khi chưa có mặt bằng. Tháng 4/2025, Thanh tra Chính phủ tiếp tục kết luận dự án nằm trong nhóm 16 công trình vi phạm về phân bổ vốn không đúng quy định.

