Theo quyết định của Bộ Chính trị, Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương là cơ quan tham mưu, giúp Ủy ban Kiểm tra Trung ương thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn về công tác kiểm tra, giám sát và thi hành kỷ luật trong Đảng theo quy định của Điều lệ Đảng và thực các nhiệm vụ do Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư giao; đồng thời là cơ quan chuyên môn, nghiệp vụ về công tác kiểm tra, giám sát và thi hành kỷ luật trong Đảng của Trung ương.
Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương có nhiệm vụ tham mưu, giúp Ủy ban Kiểm tra Trung ương thực hiện các nhiệm vụ:
- Chuẩn bị các chương trình, kế hoạch kiểm tra, giám sát, các báo cáo, đề án, các vụ việc kiểm tra, giám sát, kỷ luật đảng để Ủy ban Kiểm tra Trung ương xem xét, quyết định theo thẩm quyền; kiểm tra, giám sát, kiểm soát tài sản, thu nhập đối với cán bộ thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý.
Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương tổ chức Hội nghị công bố quyết định của Bộ Chính trị về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của các vụ, đơn vị.
- Tổ chức thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ủy ban Kiểm tra Trung ương được quy định trong Điều lệ Đảng, Quy chế làm việc của Ủy ban Kiểm tra Trung ương khóa XIII và nhiệm vụ do Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư giao; tổ chức thực hiện chương trình, kế hoạch công tác hằng năm do Ủy ban Kiểm tra Trung ương quyết định.
- Chủ trì, phối hợp với Văn phòng Trung ương Đảng, các ban đảng ở Trung ương tham mưu, xây dựng chương trình, kế hoạch và tổ chức thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát tổ chức đảng cấp dưới và đảng viên chấp hành Cương lĩnh chính trị, Điều lệ Đảng, nghị quyết, chỉ thị, quy định, kết luận, quyết định của Đảng (theo quy định tại Điều 30 Điều lệ Đảng).
- Tham mưu chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát cấp uỷ, tổ chức đảng, ủy ban kiểm tra cấp dưới về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật trong Đảng; kiểm lại kết luận, thông báo, quyết định của cấp ủy, tổ chức đảng, ủy ban kiểm tra cấp dưới về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng; tham gia tổ chức đào tạo, bồi dưỡng cán bộ ngành Kiểm tra Đảng.
- Đề xuất ý kiến đóng góp vào sự lãnh đạo, chỉ đạo chung của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư đối với công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng; tham gia ý kiến thẩm định các trường hợp do cơ quan chức năng đề nghị khen thưởng.
- Thẩm định các đề án của các cơ quan đảng, nhà nước, Mặt trận Tổ quốc Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội về những nội dung liên quan đến công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng; phối hợp với Văn phòng Trung ương Đảng (là cơ quan chủ trì), Ban Tổ chức Trung ương và các cơ quan liên quan giúp Ban Chấp hành Trung ương Đảng theo dõi, giám sát việc thực hiện Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị và Ban Bí thư.
- Thực hiện hợp tác quốc tế theo quy định của Trung ương. Phối hợp với Ban Tổ chức Trung ương trong việc thực hiện công tác cán bộ theo phân cấp quản lý; hướng dẫn về chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy của cơ quan ủy ban kiểm tra tỉnh uỷ, thành ủy, đảng ủy trực thuộc Trung ương. Tuyên truyền, phổ biến, nghiên cứu, sơ kết, tổng kết về công tác kiểm tra, giám sát và kỷ luật của Đảng…
Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương có quyền: Đề nghị Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Bộ Chính trị trong việc thành lập mới, giải thể, sáp nhập các vụ, đơn vị thuộc Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương; quyết định thành lập các phòng trực thuộc đơn vị của Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương; quyết định về công tác cán bộ của Cơ quan Uỷ ban Kiểm tra Trung ương theo phân cấp quản lý; kiểm tra, giám sát hoạt động của cán bộ Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương khi cần thiết…
Theo quyết định của Bộ Chính trị, tổ chức bộ máy của Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương gồm: Thủ trưởng và các Phó Thủ trưởng Cơ quan. Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương là Thủ trưởng Cơ quan; các phó chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương là phó thủ trưởng Cơ quan. Cơ cấu tổ chức của Cơ quan Ủy ban Kiểm tra Trung ương gồm Văn phòng và 11 vụ, trong đó có 9 vụ địa bàn.