Luật Quản lý thuế năm 2025 (Luật số 108/2025/QH15) sẽ chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7 với nhiều thay đổi trong công tác quản lý thuế, tăng cường kỷ cương tài chính và minh bạch hóa nghĩa vụ thuế.

Một trong những nội dung đáng chú ý là quy định về các trường hợp cơ quan thuế thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.

Theo đó, tại khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025, cơ quan thuế được phép thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong một số trường hợp.

Cụ thể, cơ quan thuế sẽ kiểm tra đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế và hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp được hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Việc kiểm tra sau hoàn thuế được thực hiện trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.

Cơ quan thuế cũng được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế hoặc khi người nộp thuế thuộc diện được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề kiểm tra. Ngoài ra, hoạt động kiểm tra còn được thực hiện theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền theo quy định.

Đối với nhóm người nộp thuế có mức độ rủi ro cao, cơ quan thuế được tiến hành kiểm tra khi doanh nghiệp thực hiện các hoạt động như chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, cổ phần hóa, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh.

Bên cạnh đó, cơ quan thuế được kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp hồ sơ khai thuế cần được làm rõ theo quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế năm 2025. Hoạt động kiểm tra cũng được thực hiện khi phục vụ công tác giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế.

Ngoài các trường hợp nêu trên, cơ quan thuế còn được kiểm tra đối với hồ sơ miễn thuế, giảm thuế hoặc không thu thuế của người nộp thuế được đánh giá có mức độ rủi ro cao nhằm bảo đảm việc áp dụng chính sách thuế đúng quy định.

Cũng theo Điều 37 Luật Quản lý thuế năm 2025, người nộp thuế có quyền giải trình các vấn đề liên quan đến nội dung kiểm tra và bảo lưu ý kiến của mình; khiếu nại, khởi kiện, yêu cầu bồi thường thiệt hại theo quy định; tố cáo hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình kiểm tra thuế và thực hiện các quyền khác theo quy định về kiểm tra chuyên ngành.

Theo đó, việc nắm rõ và tuân thủ đúng các quy định giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của mình, chủ động phòng ngừa rủi ro pháp lý và nâng cao tính tuân thủ trong thực hiện nghĩa vụ thuế.

Trường hợp phát sinh vướng mắc, người nộp thuế được khuyến nghị liên hệ trực tiếp cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn, giải đáp kịp thời.